Можно ли в рамках нового закона зарегистрировать всю ККТ на головную организацию, а применять как в головной, так и в обособленных подразделениях, указав адрес и место расчетов?

Нельзя, так как при регистрации ККТ на обособленное подразделение указывается КПП обособленного подразделения.