Вопрос по протоколу ОФД-ФНС. Если агрегат строится по времени формирования чека: предположим, в ФНС уже был передан агрегат по фискальному накопителю за определенный период и спустя неделю этот ФН отправляет непереданный ранее чек из этого же периода. В такой ситуации ОФД должен пересчитать агрегат и повторно его отправить?

Описанная ситуация невозможна, так как  чеки передаются последовательно и «пропустить» один чек ФН технически не может.